Яков Сироткин (yakov_sirotkin) wrote,
Яков Сироткин
yakov_sirotkin

Вакансия программиста C++ в Петербурге

Все знают, что учёные прочитали геном человека. Также были прочитаны геномы разных животных и бактерий. Обычно это делается так: берется много клеток одного организма, из них извлекаются ДНК, с них считывается много-много маленьких фрагментов, потом из фрагментов собирается геном. Это довольно сложная задача, но её более-менее научились решать: сейчас борьба идёт за скорость, снижение стоимости и прочтение проблемных участков.

Однако, далеко не все бактерии размножаются в неволе. И как раз эти бактерии ещё мало изучены и могут дать, например, идеи для новых лекарств. К сожалению, для этих бактерий мы можем взять только одну клетку, поэтому стандартные технологии чтения ДНК не работают. Недавно появились методы, которые позволяют получить достаточное количество фрагментов для сборки, но существующий софт не готов к таким данным.

Наша команда делает ассемблер бактериальных геномов SPAdes, который должен стать лучшим в мире ассемблером для сборки геномов по одной клетке. Делать ассемблер номер два нет никакого смысла, потому что им просто никто не будет пользоваться. Сейчас мы ищем программиста на C++, который мог бы внести свой вклад в наше общее дело, существующий код можно посмотреть в tar.gz.

Наша лаборатория финансируется за счёт «мегагранта» и мы способны предложить достойную зарплату. Руководитель лаборатории — Павел Певзнер. Если вас заинтересовала эта вакансия, пишите на hr@bioinf.spbau.ru.
Tags: hr, lab
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 80 comments