Яков Сироткин (yakov_sirotkin) wrote,
Яков Сироткин
yakov_sirotkin

Конец мегагранта

29 декабря у всех сотрудников нашей лаборатории истекают текущие трудовые договоры, первый этап мегагранта заканчивается, поэтому позволю себе подвести некоторые итоги. Разумеется, я ни слова не скажу об официальной отчетности, за неё отвечают другие люди и отправляют её куда-то наверх. Мой уровень — ответить на вопросы, которые мне задают люди, с которыми я играю в настольный теннис и баскетбол.

Разумеется, самый главный вопрос, который волнует всех налогоплательщиков: является ли наш мегагрант распилом денег или это действительно спасение российской науки? Признаюсь, ответить на него я не могу. Помимо зарплаты, очень много денег было выделено на закупку оборудования и мы закупали его с прицелом на долгую и эффективную работу. В пятницу мы расширили оперативную память нашего основного сервера до 1 Tb, в нашем кластере из 20 машин появились две ноды по 192 Gb. Такой вычислительной мощности нам, пожалуй, хватило бы на то, чтобы предоставлять сборку бактериальных геномов как сервис в глобальном масштабе. К сожалению, большое хранилище данных от EMC, без которого мы просто задыхаемся все 2 года, нам только привезли, но настроить его наш админ пока не смог. Таким образом, кроме содержательных результатов, было закуплено очень много оборудования: кроме вышеупомянутого серверного, у нас 25 топовых ThinkPad, большие мониторы (есть даже несколько 30-дюймовых), новая мебель и ещё много разного. Таким образом, вполне возможно, что Верховные Жрецы просто хотели профинансировать через мегагрант обновление материально-технической базы для Академического университета, а что там у нас получится — это был для них вопрос второстепенный.

Тем не менее, мы работали на совесть: несмотря на отсутствие оборудования, тесноту и задержку зарплаты на полгода. Надо отдать должное Павлу Певзнеру, поставленная им задача сборки бактериальных геномов по данным, полученным из одной клетки — это самое интересное, с чем я сталкивался за свою карьеру. Так же у нас почти год не было своего сервера и только благодаря Павлу у нас был доступ к серверу в UCSD, без которого нам пришлось бы совсем плохо. В результате мы сделали ассемблер геномов SPAdes, который вполне достойно смотрится на фоне конкурентов. Конечно, основная причина этого успеха не в наших талантах и не в хорошей организации, а в большом количестве вложенных усилий.

Нельзя не отметить и проект Rosalind — хотя он и относится к образованию, а не к исследовательской работе, но дело нужное и я очень надеюсь, что с ним всё будет хорошо.

По идее, у мегагранта может быть продолжение, но сейчас мы не знаем, будет наше финансирование продлено или нет. Этот вопрос решается Верховными Жрецами в районе министерства и от них можно ждать чего угодно. Но в любом случае денег будет существенно меньше и значительная часть опять должна будет пойти на закупку оборудования. Мне на самом деле очень жалко SPAdes — его делает очень хорошая команда и в перспективе можно было бы добиться весьма существенных результатов. К сожалению, обстановка вокруг довольно нервная, так что будущее несколько туманно.
Tags: lab
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 89 comments