Яков Сироткин (yakov_sirotkin) wrote,
Яков Сироткин
yakov_sirotkin

Два ассемблера

Анатолий Абрамович Шалыто приравнял два геномных ассемблера, над одним работала команда в ИТМО, другой — SPAdes, над которым мне самому довелось поработать. Хочу отметить, что я не говорю о научной составляющей, у меня чисто инженерная точка зрения и я имею представление о том, чем занимались ребята в ИТМО и с уважением отношусь к тому, что они сделали. Однако, должен отметить, что SPAdes изначально был ориентирован на решение достаточно специфической задачи: расшифровки бактериального генома по одной клетке. У ребят в ИТМО не было ни малейшего шанса получить такую цель вместе с прямыми контактами в крупнейших мировых центрах, где такие данные есть и где люди заинтересованы в работе с ними. Далее, наша лаборатория через два года получила достаточные компьютерные ресурсы, жалко мне не довелось увидеть в работе дисковый массив. Если бы железо было куплено сразу, наверняка и результаты у нас были бы лучше, почти год мы сидели на своих личных компьютерах и на сервере в UCSD. А в ИТМО необходимого железа просто не было, вообще. В результате, наш ассемблер можно скачать с сайта и по инструкции запустить, многие лаборатории так и делают. А чтобы воспользоваться ассемблером ИТМО, нужно заключить контракт на научно-исследовательскую работу. И ещё наша лаборатория занималась не только ассемблером, например, у нас был сделан QUAST. Думаю, в итоге результат пропорционален инвестициям.

Но так же я хочу отметить, что несмотря на то, что зарплаты были рыночными, а работали люди добросовестно, в целом деньги израсходованы неэффективно. Потому что по закону государственные деньги можно использовать только по хитрым бюрократическим процедурам, которые исключают эффективность инвестиций. В этом аспекте обе лаборатории действительно различаются в основном бюджетом. И если придут бандиты из Следственного комитета, то даже статья в Nature не поможет.

Анатолий Абрамович, у меня тоже большой опыт работы над невозможными проектами и я во многом разделяю ваши цели, но давайте стараться использовать по-возможности точные формулировки. В данном случае мы говорим о двух геномных ассемблера совершенно разного уровня.
Tags: lab
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 26 comments