Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

Тяжёлая судьба Политеха

Политех — ближайший к нашему дому университет. В своё время мы с женой пошли учиться на матмех СПбГУ, но Политех рассматривался в качестве возможной альтернативы. И я даже учил первокурсников ФТК в рамках педагогической практики. Конечно, в Политехе до сих пор встречаются хорошие студенты, но можно уверенно сказать, что престижным университет не является. Если потенциальный работодатель видит в резюме кандидата, что он учился в Политехе, то это не имеет никакого значения.

В принципе, подавляющее большинство российских университетов ничем не лучше, но печатный орган нашего муниципального образования 28 сентября написал про Политех настолько хвалебную статью, что прямо кровь из глаз. Не секрет, что для поступления в хороший университет нужно набрать на ЕГЭ не сильно меньше 300. В статье пишут о том, что в Политехе средний балл по ЕГЭ превысил 80, то есть по трём экзаменам — 240. И это средний бал, то есть проходной ещё ниже! Знаете, какой заголовок у этого раздела? «Новобранцы» интеллектуальной элиты. Ещё мы из статьи узнаем, что политехники раз в 22 года становятся лауреатами Нобелевской премии. По факту Семёнов был некоторое время профессором по совместительству. Капица действительно учился в Политехе, а потом поехал к Резерфорду. Семёнов И Капица приняли участие в создании МФТИ. Жорес Алфёров закончил ЛЭТИ, был в Политехе деканом физико-технического факультета по совместительству, а потом основал Академический университет. Совсем рядом с Политехом расположен ФТИ имени Иоффе, в котором много что было сделано, но это не Политех. Современный уровень Политеха — это лимузин для Путина делать, ни о какой Нобелевской премии тут речь не идёт.

Совершенно понятно, каким образом появилась эта статья: руководитель административного аппарата ректора Владимир Викторович Глухов является депутатом МО Академическое, в статье даже есть фотография, на которой он дипломы вручает. Разумеется, господин Глухов видный герой Диссернета и даже попал на страницы Фонтанки: https://www.fontanka.ru/2014/12/12/149/. То есть вопрос о его репутации как учёного не стоит — он официально был научным руководителем липовых диссертаций. То, что такой человек с 1995 по 2011 был проректором по учебной работе прекрасно объясняет плачевное состояние Политеха как учебного заведения. И так как господин Глухов является депутатом, то мы знаем его доходы за 2017 год — более 8 миллионов рублей. И за 2016 — более 9 миллионов рублей. Доходы бывают разные, но 2 года подряд с такими результатами говорят в пользу стабильности такого дохода. Думаю, за такие деньги господин Глухов любому бандиту готов присвоить учёную степень. Но если у сотрудников администрации такие доходы, то нет ничего удивительного в том, что преподаватели и учёные хрен без соли доедают.

Удивительная у нас страна получается: криминал подминает под себя не только политику и бизнес, но ещё и образование.

Практика разбитых газелей-8: окончание

Я много писал про брошенную Газель рядом со своим домом, но этой зимой она внезапно исчезла. Из-за обилия других тем я долго не писал об этом, но теперь исправляюсь. Каким образом Газель убрали и что послужило толчком к этому знаменательному событию я не знаю, во всяком случае связь с моими обращениями не прослеживается. Можно выдвинуть гипотезу, что существует период полураспада автохлама в городе, промежуток времени, через который брошенная автомашина исчезает с вероятностью 50 процентов. Конечно, экспериментальных данных слишком мало, чтобы всерьёз их обрабатывать, но, по моим ощущениям, этот период полураспада составляет около года. Хорошей теории, объясняющей этот феномен у меня нет, но можно предположить влияние ежегодного транспортного налога.

В заключение свежие фотографии брошенных машин из предыдущего обзора:
Collapse )
И наш новичок:
Collapse )

Леня Волков

Я прошу прощения за сбивчивый текст, но я хочу сказать пару слов о Лёне Волкове. Лёня родом из Екатеринбурга, работал в СКБ Контур, дорос до заместителя генерального директора, очень много сделал для развития инфраструктуры электронного документооборота в России. Был депутатом в Екатеринбурге, в рамках царящего в стране беспредела Верховный Суд не дал ему стать кандидатом на выборах в Свердловскую облдуму. Инвестировал в российские (и не только) стартапы, работал в этой области с Яндексом и Runa Capital. Руководил мэрской кампанией Навального. Сейчас работает директором по развитию компании Artec, делает 3D-сканеры, то есть буквально создает технику будущего.

Что сделали тошнотворные дебилы из Роскомнадзора? Они заблокировали его ЖЖ leonwolf. Твиттер @leonidvolkov и Facebook пока держатся.

В России есть богатые традиции затыкать рот лучшим своим гражданам, взять хотя бы академика Сахарова. Но если так пойдет и дальше, то мы буквально превратимся в Нигерию со снегом. Численность население у нас примерно одинаковая, а если выгнать всех предпринимателей, то и ВВП сравняется.

Посоветуйте микроскоп

Вероника попросила на день рождения микроскоп и на рынке уже много моделей, которые подключаются к компьютеру и показывают изображение на экране монитора. Я в микроскопах ничего не понимаю, поэтому хочу спросить совета: какой микроскоп выбрать? Понятно, что речь идет о моделях начального уровня, серьезное лабораторное оборудование в наш бюджет не впишется. Больше всего меня беспокоит качество прилагаемого софта, хотелось бы приобрести железо со стандартным интерфейсом, который понимают популярные программы.

Как альтернативный вариант можно рассмотреть покупку макрообъектива к зеркалке, софт от Canon нам хорошо знаком. Но я не знаю, насколько такое решение сопоставимо с бюджетными микроскопами. Бывают специальные переходники, которые позволяют подключить зеркалку к профессиональному микроскопу, но, как я понял, это уже заведомо за рамками разумного бюджета.

Как стать кандидатом в муниципальные депутаты. Бюрократия.

В каждом муниципальном образовании есть своя ИКМО, которая генерирует множество собственных форм для заполнения и потом определяет, кто из кандидатов заполнил их правильно, а кого они снимут. Еще ИКМО может принять решение, что о выявленных недостатках будет уведомлять по стационарному телефону — даже если бы у меня был стационарный телефон, во время работы комиссии меня дома не бывает.

Ещё наше ИКМО потребовала, чтобы документы посылались на адрес электронной почты в машиночитаемом виде в формате .doc или .docx. В этом же документе в пункте 4.2 указано, что формы можно получить на сайте МО Академическое и они там действительно есть в rar-архиве. Проблема в том, что когда я скачал это архив 27 июня, то в форме заявления не было места для указания избирательного округа. А в архиве, который можно скачать сейчас, такая строка есть. При этом в архиве, скачанном 27 июня, файл Заявление.docx датирован 25 июня, а в скачанном 9 июля — 23 июня. Word также показывает, что документы были модифицированы 25 июня и 23 июня соответственно. Таким образом, можно предположить, что правильная форма заявления была подготовлена 23 июня, но 25 июня она была модифицирована путем удаления строки для заполнения номера избирательного округа (и ещё был добавлен пробел в «моментаистечения») и в искаженном виде была выложена на официальный сайт.

2 июля я отправлял электронные формы документов и заметил, что в них нигде не указан избирательный округ, поэтому я указал его и в теме, и в теле письма.



3 июля я успешно сдал документы заместителю председателя ИКМО и получил подтверждение о получении документов о выдвижении по 51 округу, более того, заместитель председателя сам сказал мне, что мои документы в машиночитаемом виде уже успешно получены.

Вчера я отправил новые версии заявления и сведений о доходах и после 16 часов попытался посетить ИКМО, чтобы исправить озвученные в пятницу, после 18 часов недостатки. Это была отчаянная попытка, потому что по официальному расписанию ИКМО должно было работать с документами только до 14 часов. Но охранник заверил меня, что МО Академическое вообще не брало в субботу ключи от кабинета — это удивительно.

Также вчера я собрал необходимые 17 подписей, сейчас пойду собирать резервные 4, потом займусь оформлением документов, которые по идее должен буду предоставить завтра, больше всего меня беспокоит приложение к финансовому отчету. И подписи я ещё никогда раньше не брошюровал.

А в 22 часа в здании администрации Калининского района я ожидаю заседания ИКМО МО Академическое, на котором мне будет отказано в регистрации. Я не знаю, является ли эта информация достоверной, но, возможно, другим кандидатам в депутаты МО Академическое имеет смысл прийти — вдруг их тоже снимут.

Трудности орфографии

Петербургский горизбирком опубликовал составы УИК в электронном виде и я обновил данные в проекте spbuik. Всего в УИК числится 20363 человека, но среди них есть полные тезки с одинаковыми годами рождения, записанные в два УИК сразу, сейчас их осталось 19 из 24. 27 девушек сменили фамилию по сравнению с начальными данными.

В данных горизбиркома есть 6 явных ошибок: Михайлов Игорь АнатольеИВч, Мезенцева Анна ВладМИировна, Зернова Антонина АЛКсеевна, Осипова Елена ВОадимировна, Верещагина Людмила ДмитИриевна, Бычков ДмитИрий Леонидович. Ещё Колесникова Наталья ИгорЬевна могла получить лишний мягкий знак в отчество в паспортном столе.

Также мне встретились следующие потенциальные источники ошибок: буква ё встречается 148 раз, имя Наталья — 843 раза, но и Наталия — 289 раз, отчества Валерьевна и Валерьевич встречаются 324 и 129 раз соответственно, но так же есть Валериевна — 19 раз и Валериевич — 9.

В результате публикации этих данных нашлись 5 новых УИК, которых не было в распознанных ранее сканах документов, был найден состав УИК 1237. По сравнению с начальной версией было внесено множество изменений и исправлений со стороны горизбиркома, исправлены ошибки в распознавании текста. Теперь я буду периодически проверять соответствие данных и поддерживать их в актуальном состоянии.

Update: Геннадьевич/Геннадиевич - 76/4, Геннадьевна/Геннадиевна - 289/14.

Про академию

Не так давно мне выпала честь поработать пару лет на переднем крае нашей академической науки, совсем рядом с Жоресом Ивановичем Алфёровым, поэтому я позволю себе немного прокомментировать последние события. Многие думают, что учёные работают на благо всего человечества и презренная российская политика их не интересует. К сожалению, это совсем не так, потому что вышеупомянутый Жорес Иванович много лет довольно высоко сидит в Госдуме и депутатскую свою работу откровенно саботирует.

Зато очень четко прослеживалась стратегия развития науки — Жорес Иванович просил денег у Путина. Поэтому для меня совершенно не удивительно, что в итоге академиков просто кинули. Обсуждение разных поправок представляется мне оторванным от реальности — Путин совсем не похож на человека, который всерьез собирается прислушиваться к чужому мнению.

Если говорить о возрождении науки, то первым сигналом, что этот процесс начался, будет отмена экзаменов по философии. Пока всякие проходимцы будут иметь возможность унижать аспирантов по своему усмотрению, никакого развития науки не будет.

Два ассемблера

Анатолий Абрамович Шалыто приравнял два геномных ассемблера, над одним работала команда в ИТМО, другой — SPAdes, над которым мне самому довелось поработать. Хочу отметить, что я не говорю о научной составляющей, у меня чисто инженерная точка зрения и я имею представление о том, чем занимались ребята в ИТМО и с уважением отношусь к тому, что они сделали. Однако, должен отметить, что SPAdes изначально был ориентирован на решение достаточно специфической задачи: расшифровки бактериального генома по одной клетке. У ребят в ИТМО не было ни малейшего шанса получить такую цель вместе с прямыми контактами в крупнейших мировых центрах, где такие данные есть и где люди заинтересованы в работе с ними. Далее, наша лаборатория через два года получила достаточные компьютерные ресурсы, жалко мне не довелось увидеть в работе дисковый массив. Если бы железо было куплено сразу, наверняка и результаты у нас были бы лучше, почти год мы сидели на своих личных компьютерах и на сервере в UCSD. А в ИТМО необходимого железа просто не было, вообще. В результате, наш ассемблер можно скачать с сайта и по инструкции запустить, многие лаборатории так и делают. А чтобы воспользоваться ассемблером ИТМО, нужно заключить контракт на научно-исследовательскую работу. И ещё наша лаборатория занималась не только ассемблером, например, у нас был сделан QUAST. Думаю, в итоге результат пропорционален инвестициям.

Но так же я хочу отметить, что несмотря на то, что зарплаты были рыночными, а работали люди добросовестно, в целом деньги израсходованы неэффективно. Потому что по закону государственные деньги можно использовать только по хитрым бюрократическим процедурам, которые исключают эффективность инвестиций. В этом аспекте обе лаборатории действительно различаются в основном бюджетом. И если придут бандиты из Следственного комитета, то даже статья в Nature не поможет.

Анатолий Абрамович, у меня тоже большой опыт работы над невозможными проектами и я во многом разделяю ваши цели, но давайте стараться использовать по-возможности точные формулировки. В данном случае мы говорим о двух геномных ассемблера совершенно разного уровня.

Бионформатика в моей ДНК

Биоинформатика — самая интересная область для программиста, потому что только в ней есть такое море непонятных данных с массой ошибок. Более того, на основе этих данных могут быть сделаны полноценные научные открытия. К сожалению, в нашей лаборатории с этого года прошло сокращение, мне очень повезло ещё чуть-чуть поработать в Genestack, потом мимо меня прошли ещё две интересные вакансии, но, несмотря на все мои усилия, остаться работать в биоинформатике у меня не получилось.

Теперь позволю себе прокомментировать нашумевшую в своё время заметку про уход из биоинформатики. Да, проблема действительно есть. Существует культ статей, поэтому вся финансовая отчетность упирается в публикации и люди печатаются любой ценой. В результате многие статьи на самом деле не имеют научной ценности. И даже если были получены какие-то содержательные результаты, то вряд ли при помощи статьи их можно будет воспроизвести. Финансирование в биоинформатике в конечном счете идет со стороны государства и крупных фармакомпаний, так что деньги получаются не очень умные.

Накопленный в индустрии разработки программного обеспечения опыт фактически не используется в биоинформатике, ни у научных руководителей, ни у молодых ученых просто нет соответствующей экспертизы. Самое главное, нет понимания пользовательских сценариев, поэтому пишется очень много софта, который никем никогда не используется.

Возможно, когда биоинформатика повсеместно проникнет в медицину, данных станет очень много и нужно будет масштабировать технологии их обработки. Надеюсь, тогда мой опыт снова будет востребован, а пока — поработаю ещё программистом.

Вакансия программиста C++ в Петербурге

Все знают, что учёные прочитали геном человека. Также были прочитаны геномы разных животных и бактерий. Обычно это делается так: берется много клеток одного организма, из них извлекаются ДНК, с них считывается много-много маленьких фрагментов, потом из фрагментов собирается геном. Это довольно сложная задача, но её более-менее научились решать: сейчас борьба идёт за скорость, снижение стоимости и прочтение проблемных участков.

Однако, далеко не все бактерии размножаются в неволе. И как раз эти бактерии ещё мало изучены и могут дать, например, идеи для новых лекарств. К сожалению, для этих бактерий мы можем взять только одну клетку, поэтому стандартные технологии чтения ДНК не работают. Недавно появились методы, которые позволяют получить достаточное количество фрагментов для сборки, но существующий софт не готов к таким данным.

Наша команда делает ассемблер бактериальных геномов SPAdes, который должен стать лучшим в мире ассемблером для сборки геномов по одной клетке. Делать ассемблер номер два нет никакого смысла, потому что им просто никто не будет пользоваться. Сейчас мы ищем программиста на C++, который мог бы внести свой вклад в наше общее дело, существующий код можно посмотреть в tar.gz.

Наша лаборатория финансируется за счёт «мегагранта» и мы способны предложить достойную зарплату. Руководитель лаборатории — Павел Певзнер. Если вас заинтересовала эта вакансия, пишите на hr@bioinf.spbau.ru.